Фамилия Куникин — из числа тех русских фамилий, где за простой основой скрывается целый веер возможных историй. Её ядро — прозвище Куника, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Куникин, то есть сын или потомок Куники. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, характерная для северных и центральных областей России.

Самая прямая версия ведёт к слову «куница». Прозвище Куника могли дать ловкому охотнику, который промышлял этим ценным зверьком, или же богатому торговцу пушниной — куница в старину была не только добычей, но и своего рода валютой. Однако связь с животным не единственная и, возможно, не самая глубокая.

Вторая версия выводит прозвище из тюркского «qonaq» — гость. В этом случае Куникой на Руси могли называть не случайного прохожего, а хорошего знакомого, близкого друга, которого всегда рады принять. Такое прозвище — скорее уважительное, чем бытовое.

Есть и третий, менее очевидный вариант: от диалектного глагола «кунять» — дремать сидя, клевать носом. Если эта версия верна, то прозвище Куника получал человек сонный, медлительный, любитель вздремнуть. Такие прозвища по привычкам или особенностям поведения тоже были в ходу, хотя обычно уступали по частотности «профессиональным» или «животным».

Интересно, что фамилия Куникин встречается заметно реже, чем однокоренные Куницын или Куницин. Это говорит о том, что её основа — не столько прямое название зверька (куница), сколько личное прозвище, которое могло иметь любое из перечисленных значений. В любом случае, прозвище закрепилось за конкретным человеком, а его дети и внуки уже стали Куникиными.