Фамилия Куникин образована от прозвища Куника, которое, по одной из версий, связано со словом «куница». Подобные прозвища, образованные от названий животных, были широко распространены в старину. Вероятно, прозвище Куника мог получить ловкий и опытный охотник, занимавшийся отловом куниц. Возможно также, что предок обладателя фамилии Куникин был богатым и зажиточным торговцем. Согласно другой версии, прозвище Куника восходит к тюркскому слову «qonaq», что переводится как «гость». На Руси так называли хорошего знакомого или близкого друга. Не исключено также, что прозвище Куника связано с диалектным глаголом «кунять» - «дремать сидя, клевать носом». В этом случае, Куником могли прозвать соню, лежебоку. Так и прозвище Куника закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Куникин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Куника, со временем получил фамилию Куникин.