Фамилия Кунников — одна из тех, где за простой основой скрывается сразу несколько версий происхождения, и ни одну из них нельзя отбросить с ходу. Образована она по стандартной русской модели: к основе Кунник добавили патронимический суффикс -ов, то есть буквально «сын Кунника» или «потомок Кунника».

Сам корень — кун — в славянских языках многозначен. Первая и самая прямая версия: прозвище Кунник связано с коневодством. В украинских диалектах слово «кунь» означает «конь». Значит, предок мог держать лошадей, торговать ими или просто отличаться статью и силой. Это объяснение лежит на поверхности и подкреплено живой диалектной лексикой.

Вторая версия — от глагола «куняти» (дремать, клевать носом). Если принять её, то Кунником в шутку называли соню, человека медлительного или любителя вздремнуть после обеда. Такие прозвища по бытовым привычкам — обычное дело в крестьянской среде.

Третий путь — через сокращение крестильного имени. Иаков (в народной форме Яков) давал множество уменьшительных вариантов: Якуня, Якуник, а дальше — просто Кунник. Если это так, то фамилия Кунников — один из многочисленных «забытых» вариантов имени Яков, которые со временем утратили связь с первоисточником.

Есть и совсем редкая гипотеза, выводящая фамилию от женского имени Куна — сокращения от Кунигунда (древнегерманское «храбрая в бою»). Это скорее экзотика: маловероятно, что в русской деревне фамилию массово образовывали от западноевропейского женского имени, но полностью исключать такую возможность для единичных случаев нельзя.

Среди известных носителей — Цезарь Кунников, майор, Герой Советского Союза. Его фамилия вписана в военную историю, хотя происхождение её, скорее всего, не связано с героическим прозвищем, а имеет бытовые или именные корни.