Фамилия Купченкова — женская форма мужской фамилии Купченков, и её разбор стоит начать с суффиксальной модели. Основа фамилии восходит к прозвищу или профессиональному именованию Купченок. Суффикс -енок- (в современном написании -ёнок) в русских фамилиях указывает на «младшего» или «сына»: Купченок — это буквально «сын купца» или «маленький купец». Такая модель характерна для северных и центральных регионов России, особенно для территорий, где активно использовались патронимы с суффиксом -ёнок (ср. Медведенок, Степанёнок). Затем к основе Купченок добавился стандартный суффикс -ов-, образовав фамилию Купченков, а женская форма получила окончание -а.

Корень фамилии — «куп-», связанный с торговлей, куплей-продажей. В древнерусском языке «купец» означало не только крупного торговца, но и любого человека, занимавшегося обменом или мелкой торговлей. Однако прозвище Купченок могло закрепиться не за самим купцом, а за его сыном или подмастерьем, который ещё не дорос до самостоятельного дела. В ономастике есть параллели: фамилии Купцов, Купчин, Купчихин — все они отталкиваются от того же корня, но модель Купченков выделяется именно суффиксом -енок, что делает её более «младшей» по смыслу.

Вероятно, предок носителя фамилии был либо сыном купца, либо получил прозвище за сметливость в торговых делах. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «купча» (покупка, торговая сделка) или с топонимом Купченка (такие названия встречаются в Смоленской и Брянской областях). Но основная гипотеза остаётся профессионально-патронимической.

Географически фамилия Купченков (и Купченкова) чаще всего встречается в центральных областях России — Тульской, Калужской, Рязанской, а также в Поволжье. Это согласуется с зоной бытования суффикса -енок в фамилиях. В дореволюционных переписях Купченковы не относились к дворянству — это фамилия крестьян, мещан или купеческих детей, которые со временем растворились в других сословиях.