Фамилия Купченко — одна из тех, чей корень лежит на поверхности, но при ближайшем рассмотрении открывает неожиданные смыслы. В её основе лежит прозвище Купец. Казалось бы, всё очевидно: предок занимался торговлей. Но слово «купец» в старину имело и другое значение — так называли торговые корабли, в отличие от военных судов. Поэтому нельзя исключать, что прозвище могли дать не только лавочнику или купчине, но и судовладельцу, торговому мореходу или даже человеку, служившему на купеческом судне.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -енко — типична для украинской и южнорусской ономастики. Суффикс -енко первоначально означал «маленький», «сын» или «потомок». То есть Купченко — это буквально «сын Купца» или «младший из рода Купцов». Такие фамилии массово формировались на территории современной Украины и южных областей России в XVI–XVII веках, когда прозвища отца переходили к детям в форме отчества и постепенно закреплялись как наследственные.

В официальных документах прозвище Купец со временем вытеснило личное имя, и в переписях фиксировался уже не Иван Купец, а его сын — Купченко. Фамилия встречается преимущественно в украинских говорах, где ударение падает на второй слог (Купче́нко), хотя в русском произношении нередко смещается на первый.

Стоит отметить, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще носили крестьяне центральной России, фамилии на -енко в XVIII–XIX веках бытовали в среде казачества, мещан и зажиточных крестьян юга. Так что предки Купченко могли быть не просто торговцами, а, например, казаками, промышлявшими торговлей, или ремесленниками, чьё прозвище со временем стало родовым именем.