Фамилия Купчиненко — один из вариантов в ряду однокоренных фамилий, образованных от прозвища Купчина. Купчиной на Руси называли не просто купца, а крупного, именитого, преуспевающего торговца, как правило, миллионера. Сословие это было многочисленным и влиятельным, поэтому основа «купец-» (в разных огласовках) дала множество фамилий: Купцов, Купчин, Купчихин, Купченко, Купчинский и другие.

Ключевая особенность фамилии Купчиненко — её словообразовательная модель. Суффикс -енко характерен для западных районов Украины и Белоруссии и указывает на отчество или принадлежность: буквально «чей?» — Купчиненко, то есть «сын (или потомок) Купчины». Таким образом, фамилия изначально была не самостоятельным родовым именем, а ответом на вопрос, из какого дома или семьи человек.

Человек, получивший фамилию Купчиненко, не обязательно сам был купцом. Он мог быть родственником богатого торговца, работать под его началом в лавке или на складе, жить в купеческой семье в качестве приказчика или младшего члена дома. Прозвище Купчина, в отличие от нейтрального «купец», несло оттенок уважения и указывало на высокий статус в купеческой иерархии — так могли называть главу гильдии или владельца крупного дела.

Интересная деталь, отличающая эту фамилию от более распространённых Купцов или Купченко: суффикс -енко здесь наложен на уже оформленное прозвище с уменьшительным (но не уничижительным) суффиксом -ин-. То есть модель выглядит так: Купец → Купчина (прозвище) → Купчиненко (отчество-фамилия). Двойной суффикс встречается реже, чем простые варианты, и делает фамилию более «западной» по звучанию, что указывает на возможное происхождение предков из черниговских, полтавских или белорусских земель, где такая модель была нормой.

Позже, когда фамилия закрепилась, связь с конкретным торговым делом могла утратиться, и Купчиненко стало просто родовым именем, напоминающим о том, что предок когда-то был «из купеческого дома».