Фамилия Купчиненко образована от прозвища Купчина. Купчиной называли крупного, именитого, преуспевающего купца, как правило, миллионера. Это сословие было довольно многочисленно, а потому основа Купец- (Купеч-) встречается в ряде русских фамилий: Купцов, Купчин, Купчихин, Купченко, Купчинский и др. В фамилии Купчиненко суффикс –енко, характерный для западных районов Украины и Белоруссии, указывает на отчество или принадлежность. Таким образом, человек, получивший фамилию Купчиненко, был либо родственником богатого купца, либо работал под его началом, либо, возможно, жил в купеческой семье. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Купчина, со временем получил фамилию Купчиненко.