Фамилия Купчинин образована от прозвища Купчина — так в старину называли не просто купца, а крупного, именитого, преуспевающего торговца, часто миллионера. Слово «купчина» звучало весомее, чем обычный «купец», и подчёркивало богатство и влиятельность человека. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Купчины, то есть «Купчинин» буквально означало «потомок Купчины».

Основа Купец- (в разных вариантах Купеч-, Купч-) встречается во многих русских фамилиях: Купцов, Купчин, Купчихин, Купченко. Но именно Купчинин выделяется редким суффиксальным оформлением. Если фамилия Купцов образована по модели «чей сын?» с помощью -ов, а Купчин — с помощью -ин от той же основы, то Купчинин — это двойная патронимическая форма: сначала от Купчина (через -ин), а затем вторично оформленная как «сын Купчинина». Такая модель встречается нечасто и говорит о том, что прозвище Купчина было очень устойчивым в роду.

Сословие купцов в России было многочисленным, особенно в городах Поволжья, Сибири и центральных губерниях. Поэтому фамилия Купчинин, скорее всего, возникла в среде посадских людей или зажиточных крестьян, которые занимались торговлей и получили прозвище по своему роду деятельности. Географически фамилия встречается в основном в старых русских областях, но точную привязку к одному региону установить сложно — купцы часто переезжали.

В написании фамилии возможны варианты через «е» (Купчевин, Купченин), но форма с «и» (Купчинин) закрепилась как основная. В дореволюционных документах можно встретить написание через «ѣ» (Купчининъ), что не меняло произношения.

Таким образом, фамилия Купчинин — не просто указание на занятие предка, а маркер его высокого положения в купеческой среде. Она сохранила память о человеке, которого в окружении называли уважительно и с оттенком значительности — Купчина.