Фамилия Купчихин образована от прозвища Купчиха. В русской традиции прозвище Купчиха давали жене купца. Поскольку само слово «купец» принадлежит к числу «профессиональных» именований, указывающих на род занятий предка, основа Купец- (Купеч-) встречается в ряде славянских фамилий: Купцов, Купчин, Купчихин и других.

Словообразовательная модель здесь необычна. В отличие от более распространённых фамилий на -ов (Купцов) или -ин (Купчин), суффикс -их- указывает на принадлежность к женщине. Фамилии на -ихин в русской ономастике встречаются реже и часто имеют севернорусское или уральское происхождение. Изначально Купчихин — это ответ на вопрос «чей?»: сын Купчихи. Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как наследственная фамилия.

Сословие купцов в России было многочисленным и социально значимым, поэтому прозвище Купчиха могло быть не только бытовым, но и уважительным — в зависимости от статуса конкретной семьи. Встречается и вариант Купчихин с ударением на второй слог, что характерно для некоторых говоров Поволжья и Сибири, куда купеческие семьи активно переселялись в XVIII–XIX веках.

Таким образом, фамилия Купчихин напрямую связана с купеческим сословием, но через женскую линию: её получил потомок женщины, которую в окружении называли Купчихой.