Фамилия Куперия — редкий случай в русском ономастиконе. Её форма не вписывается в типичные модели русских фамилий, которые оканчиваются на -ов, -ин или -ский. Окончание -ия заставляет сразу искать иноязычные корни, и это верный путь.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от географического названия. В основе лежит топоним Куперия — так могли называть деревню, хутор или местность. Такие фамилии часто давали переселенцам, которые переезжали в другие регионы, и их записывали по месту прежнего жительства. Например, человек из Куперии становился Куперией. Подобная модель встречается у фамилий на -ия, образованных от названий славянских сел: Болгария (от Болгары), Сербия (от Сербы), а также у польских и белорусских фамилий вроде Купецкий, которые могли русифицироваться.

Второй, менее вероятный вариант — фамилия могла возникнуть из прозвища Купер, которое в ряде говоров означало «скупой», «скряга» (от глагола «купиться» — скупиться). Тогда суффикс -ия мог быть искусственным добавлением для придания фамилии «благородного» звучания — как у польских дворянских фамилий, где окончание -ия (например, Заремба — Зарембия) указывало на шляхетское происхождение. Но это гипотеза, требующая подтверждения конкретными записями.

Географически фамилия Куперия может быть связана с западнорусскими или польскими землями, где встречаются названия вроде Купель, Купятичи. В России она чрезвычайно редка и, скорее всего, принадлежит одной или нескольким семьям. Точных данных о сословной принадлежности носителей нет, но если фамилия ведет начало от топонима, предки могли быть крестьянами или мещанами, а если от прозвища с польским суффиксом — то мелкой шляхтой.