Фамилия Кусяков образована от тюркского имени Кусяк (Кусак, Күсәк). В татарской, башкирской и казахской антропонимике это имя означало «крепкий», «сильный», «могучий» — корень «күс» (сила, мощь) с уменьшительно-ласкательным аффиксом «-әк». Таким образом, Кусяк — это не столько прозвище, сколько пожелательное имя: родители называли так сына, чтобы он рос здоровым и выносливым.

Русский суффикс -ов, присоединённый к основе, — стандартная модель адаптации нерусских фамилий в XVI–XIX веках. Кусяковы — это потомки человека по имени Кусяк, который, скорее всего, жил в Поволжье или Приуралье, в зоне активных контактов русских с тюркскими народами. Фамилия встречается у татар, башкир, чувашей и русских, чьи предки восприняли тюркское имя.

В некоторых говорах (особенно в оренбургских и уфимских записях) фамилию могли писать через «а» — Касяков, но первоначальная форма именно с «у». Встречается также вариант Кусяков с ударением на последний слог, что характерно для татарских фамилий, русифицированных через суффикс -ов.

Спорных версий немного: иногда Кусякова пытаются связать с диалектным глаголом «кусять» (кусать) или со словом «кусок», но это маловероятно — слишком далеко по семантике от реальных прозвищных моделей. Тюркское происхождение подтверждается и тем, что фамилия распространена в районах компактного проживания татар и башкир, а также имеет параллели в виде Кусяковы (без изменения окончания) в татарских родословных.