Фамилия Кусякова — женская форма, мужской вариант — Кусяков. В её основе лежит тюркское мужское имя Кусяк, которое восходит к арабскому имени Хусаин (Хусейн) в диалектном произношении. В татарском и башкирском языках имя Усейн, Гусейн через местные фонетические процессы дало форму Кусяй, Кусяк. Таким образом, Кусяк — это уменьшительно-ласкательный вариант имени Хусаин, означающего «хороший, красивый, добрый».

Модель образования типична для русской фамилии, адаптированной из тюркской среды: к основе Кусяк добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Кусяка). Встречается также вариант с суффиксом -ев, если основа оканчивалась на мягкий согласный, но здесь твёрдый «к», поэтому написание «Кусяков» закрепилось.

Фамилия распространена преимущественно в Поволжье и Приуралье — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это объясняется географией расселения татар и башкир, у которых имя Кусяк было обиходным. В документах XVII–XVIII веков встречаются служилые татары и башкиры с таким именем, и фамилия могла закрепиться за целым родом.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Кусяк могло быть не только производным от Хусаина, но и самостоятельным прозвищем, образованным от тюркского слова «кус» — птица, с уменьшительным суффиксом -як. Тогда прозвище Кусяк могли дать человеку лёгкому, быстрому или связанному с охотой. Однако версия с арабским именем считается основной, поскольку она подтверждается массовым бытованием этого имени в мусульманской среде.

Встречается и написание через букву «с» — Кусякова, но орфографически верным для русского языка является вариант с одной «с», так как корень «Кусяк» не имеет удвоения.