Фамилия Кусякаев — редкий пример, где основа, скорее всего, восходит не к славянскому, а к тюркскому корню. На это указывает и суффикс, и сама структура слова. Модель образования здесь классическая для русских фамилий тюркского происхождения: к основе, заканчивающейся на гласный, добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). То есть Кусякай — это исходное прозвище или имя, а Кусякаев — «сын (или потомок) Кусякая».

Разбирать эту фамилию по частям «Кус-», «-як-», «-аев» было бы ошибкой: суффикс -ев крепится к цельной основе «Кусякай». Само имя Кусякай — это, вероятнее всего, сложное тюркское образование. Первая часть «кус» (или «куш») в тюркских языках означает «птица». Вторая часть «-якай» может быть вариантом имени Якай, Ягай (от тюркского «яг» — вражда, война, либо «яка» — воротник, граница). Получается, что Кусякай могло означать «птица войны» или «птица-пограничник» — характерное для кочевников имя-оберег, дававшееся с пожеланием силы и зоркости.

Географически фамилия Кусякаев почти наверняка привязана к Волго-Уральскому региону, где веками жили татары, башкиры и мишари. Подобные фамилии на -каев (Сюнякаев, Бикаев) типичны для этих мест. Сословно предки Кусякаевых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами (нерусское население, платившее ясак), реже — служилыми татарами. В дворянские родословные книги эта фамилия не попала, что косвенно подтверждает её «простое» происхождение.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах могли писать «Кусякаев» и «Кусякайев» (с йотированным окончанием), но в современном русском языке закрепился вариант с -ев. Фамилия не имеет ничего общего с глаголом «кусать» — это классический случай, когда внешнее звуковое сходство вводит в заблуждение, а истинный смысл лежит в тюркской ономастике.