Фамилия Куйбина хранит память о прозвище дальнего предка — Куйба. В основе этого прозвища лежит диалектное слово «койба», которое бытовало в архангельских говорах. Так называли выделанную шкуру с оленьих ног, а также сапоги, сшитые из такой шкуры. Скорее всего, прозвище Куйба относилось к профессиональным: его мог получить мастер, который изготавливал обувь из оленьего меха. Прозвище закрепилось за человеком как основное обиходное имя, а затем перешло в фамилию Куйбин по стандартной русской модели: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Куйбы».

Фамилия имеет отчетливую северную привязку. В Книге памяти Архангельской области записан Александр Дмитриевич Куйбин, родившийся в 1893 году в деревне Кузнецова Каргопольского уезда. Эта запись подтверждает, что фамилия бытовала в Поморье и на Русском Севере, где оленеводство и промысел морского зверя давали материал для такой обуви. Других версий происхождения, сопоставимых по убедительности, нет: связь с «койбой» объясняет и форму слова, и географию, и возможное занятие предка.