Фамилия Кузенина образована от народной формы крестильного имени Косма — Кузеня. Имя Косма пришло в русский язык из греческого, где связывалось со словом kosmos — «мир, порядок, мироздание», а в переносном значении — «украшение». На русский язык Косма переводится как «устроитель мира». Однако в повседневном общении имя быстро обрастало уменьшительными и просторечными вариантами, и Кузеня — один из них.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных губерний: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Кузенин сын, Кузенина дочь). Это патроним, то есть фамилия по отцу или деду. Скорее всего, основатель рода Кузениных был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником, которого в быту звали не полным церковным именем, а домашним, привычным для округи.

Интересно, что в народе имя Косма часто путали с Кузьмой (каноническое Косма и Кузьма — разные святые, но в быту их не различали). Отсюда — родственные фамилии Кузмин, Кузьмин, Кузенков. Кузенина стоит в этом ряду особняком: суффикс -еня вместо более частого -ьма или -як встречается реже, что делает фамилию географически более привязанной к определённым говорам, где любили именно такие «усечённые» формы имён. Если искать аналоги, то Кузеня — то же, что, например, Козеня от Козьма, или Ерёменя от Еремей.

Фамилия закрепилась в документах не ранее XVII века, когда крестьян начали массово переписывать для налогов и рекрутских наборов. Тогда и записали: «Ивашка Кузенин сын» — и пошло родовое имя. Сегодня Кузенины встречаются преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает севернорусский след: именно оттуда в XVII–XVIII веках шло заселение этих земель.