Фамилия Кузенины образована от личного имени предка. В основе лежит народная форма крестильного мужского имени Косма — Кузеня. Само имя Косма пришло в русский язык из греческого, где связывалось со словом kosmos — «мир, порядок, мироздание», а в переносном значении — «украшение». На русский язык его переводят как «устроитель мира». Одним из святых покровителей этого имени считается преподобный Косма Маиумский. Таким образом, потомок человека по имени Кузеня со временем получил фамилию Кузенин.

Кузенины — это типичная «фамилия-отчество»: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Кузенин, то есть сын Кузени). Такая модель была широко распространена в северных и центральных губерниях России, в отличие от южных, где чаще использовали суффикс -ов/-ев. Эта региональная особенность — одна из деталей, по которой можно предположить, где жили первые носители фамилии.

Фамилия встречается в исторических документах. В Книге памяти Пермской области упоминается Кузенин Иван Денисович, родившийся в 1890 году в деревне Лудица Красногвардейского района Ленинградской области. Двойная географическая привязка — рождение в Ленинградской области, а фиксация в Пермской — нередкое явление для XX века, когда людей переселяли или они сами переезжали в ходе индустриализации и войн.

Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Кузенины можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований, но её основа — простое и ясное отчество от имени Кузеня — не оставляет сомнений в её происхождении.