Фамилия Кужненкова, несмотря на свой редкий и необычный звуковой облик, образована по одной из самых распространенных в русской ономастике моделей. Это женская форма фамилии Кужненков, а та, в свою очередь, происходит от мужского прозвища или имени Кужненок. Суффикс -енок в русских фамилиях — явление нечастое, но крайне показательное. Он указывает на «детскость»: Кужненок — это буквально «маленький Кужня» или «сын Кужни». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где прозвища на -енок были распространены в XV–XVII веках и позже закреплялись в фамилиях.

Корень «Кужн-» — самый сложный и интересный элемент. Вероятнее всего, он восходит к диалектному слову «кужня» или «кужень». В говорах русского севера (архангельских, вологодских) «кужня» — это плетеная корзина, кузовок или мережа для ловли рыбы. Прозвище Кужня могли дать корзинщику, рыболову или человеку, который носил с собой такой кузов. Менее вероятная, но возможная версия связывает корень с тюркскими языками, где «кужан» или «кузен» означало «сосед», «родственник» — такое прозвище могло закрепиться за пришлым человеком или свойственником.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить ареал. Фамилии Куженков, Кужнев, Кужнов встречаются преимущественно в Смоленской, Тверской и Псковской областях, что подтверждает северо-западное происхождение. Кужненкова — скорее всего, уроженка этих же мест, где прозвища на -енок сохранялись дольше, чем в южных регионах. Суффикс -ов в мужской форме указывает на принадлежность: Кужненков — «сын Кужненка», что окончательно закрепило фамилию к XVII–XVIII векам, когда крестьянские прозвища начали передаваться по наследству.

Социальный контекст фамилии — крестьянская среда. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищ, образованных от бытовых реалий. Носительница фамилии Кужненкова может с высокой долей вероятности считать своими предками ремесленников-корзинщиков или рыбаков из северных или западных губерний Российской империи.