Фамилия Кузиняев — редкий случай в русском ономастиконе, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Перед нами модель на -яев, которая встречается гораздо реже, чем привычные -ов/-ев или -ин. Такие фамилии чаще всего образовывались от прозвищ или имён, оканчивавшихся на -яй: Кузяй, Мазай, Рузай. Суффикс -яй в древнерусских именах и прозвищах был уменьшительно-ласкательным или, наоборот, фамильярным, как в «дядя» или «племяш». Поэтому Кузиняев — это буквально «чей-то сын» или «потомок Кузиная».

Основа фамилии — Кузиняй — почти наверняка восходит к имени Кузьма. В народной речи имя Кузьма (от греческого «космос», «мир») давало множество производных: Кузя, Кузька, Кузик, а также Кузиня и Кузиняй. Форма Кузиняй — это двойное уменьшение: сначала от Кузьмы сделали Кузиню (как Степан — Степаня, Иван — Иваня), а потом добавили ещё один домашний суффик -яй. Такая цепочка характерна для северных и центральных говоров, где любили «нанизывать» уменьшительные суффиксы. Таким образом, Кузиняй — это не официальное крестильное имя, а чисто бытовое прозвище, которым в семье или в деревне называли человека по имени Кузьма.

Географически фамилия Кузиняев тяготеет к Поволжью и, возможно, к Уралу. Встречается она в основном в Татарстане, Башкортостане и соседних областях. Это не случайно: в тюркоязычной среде русские фамилии на -яев часто адаптировались под местную фонетику, но в данном случае основа чисто славянская. Скорее всего, предки-носители фамилии были русскими крестьянами или мещанами, переселившимися на восток в XVIII–XIX веках. Сословных данных по фамилии нет, но модель образования (от прозвища, а не от географического названия) указывает на крестьянское или посадское происхождение.

Интересная деталь: если бы фамилия писалась через «и» — Кузиняев, а не Кузеняев, это говорит о том, что в основе лежала форма Кузиня, а не Кузеня. В русских говорах чередование и/е в безударной позиции — обычное дело, но закрепившаяся буква «и» указывает на более «северное» произношение (оканье или иканье). Если бы предки жили на юге, скорее бы написали Кузеняев.

Сравните с однокоренными фамилиями: Кузин (самая частая, от Кузи), Кузьмин (от полного имени), Кузякин (от Кузяка). Кузиняев стоит особняком — он сохранил редкую уменьшительную цепочку, которая в других фамилиях почти не встречается. Это не вариант Кузина, а самостоятельная форма, возникшая независимо.