Фамилия Кузышина — женская форма, а мужской вариант — Кузышин. В центре внимания здесь необычная основа и редкая модель образования, что сразу выделяет фамилию из ряда типичных русских фамилий.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Кузыш. Суффикс -ыш в русской антропонимии часто указывает на признак или свойство человека: малый рост (малыш), особенности поведения (крепыш), внешность. Прозвище Кузыш могло быть связано с диалектным словом «кузя» — так в некоторых говорах называли кузнечика или, в переносном смысле, суетливого, мелкого, хлопотливого человека. Менее вероятно, но возможно, что Кузыш — это форма личного имени Кузьма (от греческого «космос» — порядок, мир), где суффикс -ыш придаёт уменьшительно-ласкательное или, наоборот, пренебрежительное значение (ср. Кузьма — Кузьмич — Кузька — Кузыш). В пользу версии с прозвищем говорит то, что фамилии на -ыш-ин встречаются редко и почти всегда образованы от прозвищ, а не от канонических имён.

Модель образования проста: к основе Кузыш- добавили патронимический суффикс -ин, что буквально означает «чей?» — сын (или дочь) Кузыша. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Географически фамилия Кузышина, судя по современным данным, привязана к Поволжью и некоторым районам Сибири, куда переселенцы принесли прозвища из центральных губерний. Искать её в южнорусских или украинских землях смысла мало — там преобладают фамилии на -енко и -ук.

Сословного статуса по фамилии не определить: Кузышины могли быть как крестьянами, так и мещанами. Прозвище Кузыш не несёт ни дворянского, ни холопского оттенка — это бытовая характеристика, данная человеку в общине. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок носителя фамилии был русским и жил в среде, где ценили меткие прозвища, а не официальные имена.