Фамилия Квактун — редкая и звонкая, её происхождение почти наверняка связано с прозвищем. В основе лежит глагол «квакать» или звукоподражательное «квак». Однако это не обязательно означало, что предок подражал лягушке. В русских говорах «квактун» или «квакун» — это тот, кто любит много говорить, болтать, «квакать» без умолку. Прозвище могли дать словоохотливому, крикливому человеку или, наоборот, тому, кто говорил хрипло, с характерным «квакающим» звуком.

Словообразовательная модель проста: корень «квак-» плюс суффикс «-тун». В русском языке этот суффикс часто образует названия лиц по характерному действию или склонности (ср. бегун, говорун, ворчун). Он придаёт прозвищу оттенок постоянного или чрезмерного действия. Таким образом, Квактун — это «тот, кто постоянно квакает», то есть болтун или горлопан. В украинском языке есть аналогичное слово «квактун» со значением «болтун», «пустомеля», что подтверждает версию о прозвище как основе фамилии.

Версия о происхождении от названия птицы (например, от «кваква» — цапля) маловероятна: для птицы использовалась бы другая модель (Кваквин, Кваква). Также не стоит связывать фамилию с польским «kwak» (кряква) — это звукоподражательный корень, но в польском он дал бы форму типа Kwak, а не Kwaktun.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским территориям, особенно к Черниговской и Полтавской губерниям, откуда известны ранние записанные носители. Встречается она и в Белоруссии. Сословной привязки нет: Квактунами могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. Фамилия образована от прозвища, которое давали в народе, а не от церковного имени, поэтому она указывает на личную черту характера предка, а не на его род занятий или происхождение.