Фамилия Кынина — женская форма фамилии Кынин, и её происхождение напрямую связано с основой «Кын-», которая в русской ономастике встречается нечасто. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от имён и прозвищ с помощью патронимического суффикса, Кынин использует суффикс -ин, который традиционно присоединялся к основам на -а, -я. Это указывает на то, что в основе лежало слово или имя, оканчивающееся на гласный.

Самая вероятная версия: фамилия образована от прозвища Кыня. В русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, «кыня» — диалектное слово, означающее «скупой», «прижимистый» человек, а также «плакса», «нытик». Прозвище могло закрепиться за человеком с соответствующим характером. Менее распространённая, но возможная гипотеза: Кыня — это производная форма от крестильного имени Кир (от греческого «господин») или от редкого имени Кин, которое могло быть заимствовано из финно-угорских языков. В таком случае суффикс -я выполнял бы роль уменьшительно-ласкательного, как в парах Иван — Ваня, Пётр — Петя.

География фамилии Кынина — преимущественно центральные и северные регионы России. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: предки носителей, скорее всего, жили в одной местности, где прозвище Кыня было в ходу. Сословная принадлежность определить сложно, но суффикс -ин типичен для крестьянских и мещанских фамилий, а не для дворянских (которые чаще оканчивались на -ский).

В отличие от фамилий с прозрачной тюркской или финской этимологией, Кынина остаётся в рамках славянской диалектной лексики. Если бы основа была заимствованной, мы бы ожидали иных суффиксов — например, -ов (Кынов). Сочетание редкой основы с типично русским суффиксом -ин указывает на то, что перед нами именно прозвище, а не иноязычное имя.