Фамилия Кинина — женская форма; мужская, соответственно, Кинин. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Киня. Такие имена на -я (Киня, Петя, Вася) в старину были распространённой уменьшительной формой, причём не обязательно от крестильного имени. Киня могло быть производным от Кин, а то — от Кирьян (Кириан), Киндей или даже от глагола «кинуть», «киняться» (хвастаться, заноситься). В говорах киня — ещё и «спесивый, гордый человек». Так что первый носитель фамилии мог получить прозвище за характер.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Кинин, то есть сын Кини. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов. Географически фамилия Кинина встречается в Поволжье, особенно в Нижегородской и Кировской областях, а также в Удмуртии — возможно, из-за переселений или местного говора.

Есть и более редкая версия: от тюркского имени Кин (в значении «широкий», «просторный») или от коми-пермяцкого «кин» (кто). Но она менее вероятна, поскольку фамилия с таким окончанием органично вписывается в русскую ономастику именно через прозвище. В Списке общерусских фамилий Б. Унбегауна форма Кинин не выделена в отдельную группу, но однозначно относится к типичным «патронимам от уменьшительных имён».

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века встречается написание «Кинины» с ударением на первый слог, что подтверждает связь с именем Киня, а не с «кино» или «кинуть» как действием. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская, и её носители в большинстве своём — люди, чей предок выделялся либо нравом, либо просто носил домашнее имя Киня.