Фамилия Киниченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький» или «потомок»: Киниченко — буквально «сын Кинича» или «маленький Киня». По сути, это трёхступенчатая конструкция: сначала было прозвище или имя Киня, от него образовали отчество Кинич (по аналогии с Ильич, Кузьмич), а уже от этого отчества — фамилию Киниченко. Такая цепочка — характерный признак восточноукраинской и южнорусской ономастики, где суффикс -енко стал массовым в XVI–XVII веках, особенно среди казачества и мещан.

Корень Киня — сокращённая, уменьшительная форма от полного крестильного имени. Чаще всего это Акиндин (греч. «безопасный», «невредимый»), реже — Киндей (редкое имя греческого происхождения) или Кирик (от греч. «господский»). В народной речи длинные имена ужимали: Акиндин превращался в Киню, как Иван — в Ваню, а Матвей — в Матюшу. Поэтому первый носитель прозвища Киня мог быть человеком, которого в семье или в селе звали сокращённо от Акиндина — и эта форма закрепилась как родовое имя.

Географически фамилия Киниченко тяготеет к центральной и восточной Украине, особенно к Полтавской, Черкасской и Киевской областям. В России она встречается реже, в основном в приграничных с Украиной регионах (Белгородская, Воронежская области) и среди потомков переселенцев на Кубани. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах как преимущественно крестьянская и казачья — никакого дворянского или священнического следа у неё нет.

Спорных версий происхождения у Киниченко немного. Иногда корень пытаются связать с тюркским «киня» (название ткани или вид оружия), но это натяжка: фамилия явно славянская по модели образования, а тюркские заимствования в украинских фамилиях обычно дают другие суффиксы (-чук, -бай). Гораздо правдоподобнее, что перед нами обычная украинская фамилия от разговорной формы церковного имени — без экзотики, но с чёткой и логичной историей.