Фамилия Ладога — редкий случай, когда географическое название перешло в фамилию напрямую, без суффикса. Обычно такие фамилии образуются с помощью -ский (Ладожский) или -ин (Ладогин), но здесь основа осталась нетронутой. Это сразу указывает на возможное происхождение от прозвища, которое человек получил по месту жительства или службы: «ладогой» могли назвать выходца с берегов Ладожского озера или из города Ладога (ныне Старая Ладога). В русской ономастике подобные бессуффиксные фамилии от топонимов встречаются, но редко — чаще они закреплялись за людьми, тесно связанными с местностью, например, за бывшими крестьянами, переселившимися в другие края, или за торговцами, ходившими по ладожским маршрутам.

Есть и другая версия, менее очевидная: Ладога могло быть прозвищем, данным по характеру или внешности. В северных говорах слово «ладо» означало «милый, любимый» (отсюда «лада» — жена, «ладить» — жить в согласии). Форма «Ладога» могла возникнуть как ироничное или ласкательное прозвище человека, который всех мирит или, наоборот, слишком ласков. Однако эта гипотеза слабее топонимической: суффикс -ог- в русских прозвищах нехарактерен, а в названиях рек и озёр (Вологда, Ладога) он встречается часто и считается древним, возможно, финно-угорским по происхождению.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. В ней нет ни патронимического суффикса (-ов, -ин), ни аристократического -ский. Это так называемая «окаменелая» форма — прозвище, которое закрепилось в документах без изменений. В XVI–XVII веках так могли записать крестьянина или посадского человека, который при переписи назвал себя по месту выхода: «Ладога» вместо «Иван из Ладоги». Фамилия не указывает на сословие: её мог носить и крестьянин, и купец, но в дворянской среде она почти не встречалась — там предпочитали фамилии на -ский.

География фамилии подтверждает её северное происхождение. Ладоги чаще встречаются в Новгородской, Ленинградской и Вологодской областях, реже — на Урале, куда переселенцы уходили в XVII–XVIII веках. Встречается и вариант Ладогин, но он уже образован по стандартной модели и означает «сын Ладоги». Сама же фамилия Ладога — редкий пример того, как древний гидроним стал личным именованием, не обрастая дополнительными суффиксами.