Фамилия Лагота — редкая и неоднозначная по происхождению. В её основе лежит прозвище, но у исследователей нет единого мнения, от какого именно слова его образовали.

Самая распространённая версия связывает прозвище с нарицательным «лаготина» — так в некоторых говорах называли лакомства, сладости. Тогда Лаготой могли прозвать либо торговца сластями, либо завзятого сладкоежку. Вторая гипотеза выводит прозвище из словенского lagota — «резвость, шалость». Если принять эту версию, то прозвище отражало характер предка: живой, подвижный, игривый человек. Третья версия предлагает этимологию от слова «лагода» — мир, лад, благодать. В таком случае Лаготой называли человека миролюбивого, покладистого, с которым легко ужиться.

Какая из гипотез верна — сказать сложно. Все три опираются на реальные диалектные или инославянские корни, а прозвища в принципе могли даваться по разным поводам. Не исключено, что в разных регионах фамилия возникала независимо и от разных основ.

Документальные подтверждения фамилия имеет в северных и западных губерниях Российской империи. В базе данных «Польские переселенцы в Архангельской области» упоминаются Яков Якимович Лагота (1894 года рождения, Брестская губерния) и Ольга Степановна Лагота (1897 года рождения, Бродницкая губерния). Это указывает на то, что носители фамилии были и среди белорусского и польского населения, и среди переселенцев на Русский Север.

Фамилия образована по типичной модели: прозвище на -ота (ср. Дремота, Зевота, Ломота) стало фамилией без дополнительного суффикса. Такие фамилии характерны для украинской и белорусской традиции, но встречаются и у русских.