Фамилия Латифли — редкий случай, когда происхождение можно определить почти сразу по одному лишь суффиксу. Окончание -ли (в русской передаче часто -лы, -ли) — верный признак азербайджанской или, шире, тюркской модели образования фамилий. В Азербайджане и соседних регионах суффикс -ли указывал на принадлежность к роду, селению или племени: например, Гаджилы, Карадаглы. Латифли, таким образом, означает «из рода Латиф» или «относящийся к Латифу».

Основа фамилии — арабское мужское имя Латиф (Latif), одно из имён Аллаха в исламе, означающее «добрый», «мягкий», «благой». В тюркской среде это имя было популярно, и от него образовали патронимическую фамилию: сын Латифа стал Латифли. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Латифов), где суффикс чисто патронимический, азербайджанская модель -ли сохраняет оттенок родовой или географической общности — не просто «чей-то сын», а «человек из той семьи, что ведёт начало от Латифа».

В дореволюционных российских документах, особенно в Закавказье, фамилии на -ли часто записывали без изменений, но в советское время, при паспортизации 1930-х годов, часть носителей могла получить русифицированные варианты — Латифов или Латифлин. Форма Латифли сохранилась у тех, кто остался в Азербайджане или переехал в другие регионы, не меняя фамилию под русский строй.

Встречается фамилия и у крымских татар, и у народов Дагестана, где суффикс -ли тоже продуктивен, но в этих случаях основа может восходить не к имени Латиф, а к прозвищу или топониму (например, селение Латиф). Однако для большинства носителей версия с арабским именем остаётся основной и наиболее очевидной.

Социальный статус предков-Латифли реконструировать сложно: имя Латиф было распространено и среди крестьян, и среди духовенства, и среди городских ремесленников. Фамилия не указывает на сословие, но зато точно говорит о регионе — скорее всего, это Азербайджан или Закавказье.