Фамилия Лайдина образована от женского прозвища или имени Лайда с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ин. Вопрос в том, что стоит за основой Лайда. Здесь есть две основные версии, и обе имеют право на существование.

Первая, самая прямая, связывает фамилию с диалектным словом «лайда» — так в ряде северных и сибирских говоров называли болотистую низину, топкое место, поросшее мхом или редким лесом. Человек, живший на такой земле или у такого урочища, мог получить прозвище Лайда. В этом случае фамилия относится к разряду «географических» прозвищ, распространённых повсеместно: от названия местности переходило на её обитателя. Подобные фамилии (Зайцев от «заяц», Волков от «волк») встречаются часто, но у Лайдиной основа не животная, а ландшафтная, что встречается реже и указывает на конкретный тип местности в предковых краях.

Вторая версия — антропонимическая. Лайда могла быть уменьшительной формой от канонического имени Лаодикий (греч. «народный»), которое в народном произношении сокращалось до Лайда. Или же от имени Галактион (греч. «молочный»), где начальный слог «га» отпадал, и получалось Лактион, а от него — Лакта, Лайда. Такие сокращения типичны для русской деревни: Агафья — Ганя, Евдокия — Дуня. Если так, то фамилия Лайдина — это отчество по матери или жене: «чей?» — Лайдин, то есть сын или дочь Лайды.

Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов (Петров, Иванов), которые чаще указывали на отца, фамилии на -ин могли закрепляться и по женской линии, если женщина была главой семьи (вдова) или прозвище носила именно она. В истории фамилии Лайдина сохраняется эта двойственность: по суффиксу она «материнская», по возможному значению — «ландшафтная». В любом случае, это редкий пример, когда основа фамилии не входит в число самых частотных русских прозвищ, что делает её любопытной для локальной ономастики.