Фамилия Лепунов — типичный пример русской модели образования от прозвища с суффиксом -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Лепунов буквально означает «сын или потомок Лепуна». Основа здесь — прозвище Лепун, а оно, в свою очередь, восходит к глаголу «лепить». Самый прямой смысл — ремесленный. Лепуном могли назвать гончара, мастера по глине, или того, кто строил мазанки — дома из глины и соломы. В русских диалектах слово «лепун» (или «лепунок») иногда обозначало именно лепщика, работающего с глиной.

Но есть и другая, бытовая версия. В народной речи «лепить» нередко означало «делать быстро, наспех, кое-как». Отсюда прозвище Лепун мог получить человек торопливый, который всё делал с излишней поспешностью — «лепил» как попало. Такая характеристика была нелестной, но цепкой.

Третья, менее очевидная гипотеза, которую тоже стоит упомянуть, — возможная связь с диалектным словом «лепуха». В некоторых говорах так называли коросту, струпья на коже. Если прозвище дали по внешнему признаку, Лепун — человек с такой кожной болезнью. Но эта версия слабее: прозвища от болезней встречаются реже, чем от занятий или черт характера.

Важно заметить, что фамилия Лепунов — не самая редкая, но и не массовая. Её география тяготеет к центральным и южным областям России, где гончарный промысел был особенно развит. Встречаются однокоренные фамилии: Лепухин, Лепухов, Лепуньков. Все они образованы от той же основы «леп-», но с разными суффиксами, что говорит о самостоятельном, а не едином происхождении этих родов.