Фамилия Лецер — редкая для русской традиции и почти наверняка не славянская по происхождению. Её основание ищут не в древнерусском прозвище или крестильном имени, а в немецком или идишском наследии. На это указывает и отсутствие типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), и само звучание: корень «лец» с твёрдым окончанием -ер.

Самый прямой путь к значению — немецкое слово Lötzer или Lötscher. В южнонемецких диалектах так могли называть паяльщика (от löten — паять) или жителя местности Лётч (Lötsch) в Швейцарии или Тироле. Вторая версия — от идишского לעלצער (letser), что значит «лжец», «обманщик». В среде ашкеназских евреев такие прозвища давали не как оскорбление, а как бытовую характеристику хитрого или остроумного человека, и фамилия закреплялась за потомками.

Поскольку фамилия не имеет русского патронимического суффикса, её носители, скорее всего, не были крестьянами или служилыми людьми в центральной России. Лецеры могли появиться в Российской империи двумя путями: как немецкие колонисты (ремесленники, мастера по металлу), приглашённые Екатериной II, или как еврейские переселенцы из черты оседлости. В любом случае фамилия осталась в неизменной форме, без адаптации под русскую грамматику.

В дореволюционных документах встречается вариант написания «Лётцер» — с умлаутом, который при русификации исчез. Это ещё один аргумент в пользу немецкого корня, так как в идише умлаут не передавался бы на письме. Географически следы фамилии в России негусты: отдельные упоминания есть в метриках Киевской и Волынской губерний, а также в поволжских немецких колониях.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Лецер стоит особняком. В отличие от Лецких или Лецовых, она не даёт вариантов для переосмысления в народной этимологии. Её носители вряд ли могли «стать» Лецерыми в результате шутливого переосмысления — слишком прозрачна основа для тех, кто знает немецкий или идиш. Поэтому версия о прозвище «лжец» для еврейской ветви выглядит более живой, чем сухое «паяльщик» для немецкой, хотя обе имеют право на существование.