Фамилия Левкутник — редкий случай, где прозвище почти наверняка перешло в фамилию без изменений. В основе лежит слово «левкутник», которое в южнорусских и украинских говорах означало человека, торгующего левкой — душистыми цветами, популярными в садах и оранжереях. Суффикс -ник в русских фамилиях типичен для названий ремесленников и торговцев (ср. сапожник, мясник, горшечник). Это не патронимическая модель (не «чей-то сын»), а профессиональное прозвище, которое закрепилось за родом.

Корень «левк-» восходит к греческому «левкос» (белый, светлый) — через название цветка левкой, который в ботанике известен как Matthiola incana. Цветоводство в XVIII–XIX веках было не только увлечением, но и промыслом: в южных губерниях Российской империи, особенно на Черниговщине, Полтавщине и в Новороссии, существовали целые слободы садоводов, поставлявших рассаду и цветы в города. Левкутник мог быть не просто уличным продавцом, а владельцем парника или сада, специализировавшегося на душистых цветах.

Словообразовательная модель на -ник в фамилиях встречается реже, чем на -ов или -ин, и часто сохраняет исходное значение без изменений. У фамилии Левкутник нет вариантов с суффиксами принадлежности — это архаичная форма, застывшая в именительном падеже. Встречается она преимущественно в исторических документах по Харьковской и Екатеринославской губерниям, что подтверждает южное происхождение.

Другие версии, связывающие фамилию с искажённым именем Лев (Левко) или с тюркским корнем, маловероятны: суффикс -ут-ник нехарактерен для уменьшительных форм, а тюркские заимствования в этой зоне обычно дают фамилии на -ов. Таким образом, Левкутник — одна из немногих русских фамилий, прямо указывающих на занятие, связанное с декоративным садоводством, а не с земледелием или скотоводством.