Фамилия Левтонов — редкая и неочевидная. На первый взгляд кажется, что в её основе лежит что-то «львиное» (от греческого «леон» — лев). Но скорее всего, это не так.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища или мирского имени Левтон. Само слово «левтон» — это искажённое диалектное «левша» или «левтун» (человек, который всё делает левой рукой). В северных и сибирских говорах «левшой» нередко называли «левтуном», а «левтона» — это уже форма, закрепившаяся в фамилии. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Левтонов — сын Левтона, то есть потомок левши.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с древним каноническим именем Леонтий (в просторечии Левонтий). В этом случае Левтон — это сокращённая форма имени Левонтий (как Лёва от Лев), а Левтонов — «сын Левтона». Но имя Левонтий было распространено в основном на юге России и Украине, а фамилии на -ов с такой основой там встречаются реже, чем на -енко.

Третья, совсем гипотетическая версия — от названия населённого пункта вроде Левтоново или от фамилии Левтон, которую могли получить выходцы из Прибалтики (ср. латышское «levtons» — нечто лёгкое, быстрый). Но это уже область догадок.

Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких крестьянских семей северных или центральных губерний России. В дореволюционных метрических книгах Левтоновы изредка встречаются в Вологодской и Вятской губерниях, что подтверждает версию с «левшой» — диалект там был соответствующий.

Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, и в дворянских родословных книгах она не значится. Это чисто народная фамилия, возникшая из бытового прозвища, которое дали не за силу или богатство, а за особенность — леворукость.