Фамилия Лифонтова образована от имени Лифонт, которое, вероятно, является производной формой одного из мужских крестильных имен: Селиван (в переводе с латинского – «бог лесов»), Нифонт (греческое, «рассудительный») или Вонифатий (латинское, «творящий благо, добродетельный»). Скорее всего, основатель рода Лифонтовых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, которого звали Лифонт, со временем получил фамилию Лифонтова.