Фамилия Лифонтова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Лифонтов. Такие фамилии в русской традиции образовывали от имени или прозвища отца, и в данном случае родоначальника звали Лифонт. Само имя Лифонт — не каноническое церковное, а производная, народная форма сразу нескольких крестильных имён. Скорее всего, в основе лежит одно из трёх: Селиван (от латинского «бог лесов»), Нифонт (греческое, «рассудительный») или Вонифатий (латинское, «творящий благо»). В бытовой речи сложные имена часто сокращали и переделывали на свой лад — так появился Лифонт.

Суффикс -ов- в фамилии Лифонтов указывает на принадлежность: «чей?» — Лифонтов, то есть сын или потомок Лифонта. Это типичная модель для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. Значит, основатель рода Лифонтовых, судя по форме фамилии, был человеком из простого сословия, а не из дворян, у которых чаще встречались фамилии на -ский.

География фамилии узкая: Лифонтовы встречаются преимущественно в центральных и южных регионах России, но массового распространения не получили. Это редкая фамилия, и её редкость как раз и объясняется тем, что имя Лифонт не вошло в широкий обиход, а осталось местным, семейным вариантом. Сравните с однокоренными фамилиями вроде Нифонтов или Селиванов — они встречаются чаще, потому что исходные имена были популярнее. А Лифонтов — более редкий след той же традиции народного переосмысления церковных имён.