Фамилия Лифантова — женская форма фамилии Лифантов, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Лифан, которое, скорее всего, является фонетической вариацией имени Лифантий. Последнее, в свою очередь, восходит к греческому имени Лифаний (возможно, от слова «литос» — камень), которое в русском быту упрощалось до Лифан. Такие адаптации греческих имён были обычны для простых сословий: сложное для произношения имя «обрусевало», теряя окончание и меняя звуки.

Однако есть и другая, более прозаичная версия. В некоторых говорах «лифан» или «лифант» могло быть прозвищем, данным за внешность или поведение. Например, в архангельских и вологодских говорах слово «лифан» фиксировалось как «простофиля» или «неуклюжий человек». Если это так, то фамилия Лифантов — это типичное «прозвищное» отчество, которое давали потомкам человека с такой характеристикой. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Лифана».

Модель образования фамилии — стандартная для центральной России и Поволжья: основа (Лифан) + патронимический суффикс (-ов). Встречаемость фамилии в современных базах данных довольно редкая, что говорит о локальном происхождении. Возможно, предки носителей фамилии Лифантова были крестьянами или посадскими людьми из северных или центральных губерний, где имя Лифан (или прозвище) бытовало вплоть до XVIII–XIX веков. Важно отметить, что церковная форма имени не прижилась, а бытовая — дала начало целому гнезду родственных фамилий: Лифанов, Лифантьев, Лифашин.