Фамилия Лифановы принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от имени собственного. В основе лежит мужское имя Лифан — просторечная, сокращённая форма старинных канонических имён Нифонт (в переводе с греческого — «рассудительный») или Вонифатий (от латинского «творящий благо», «добродетельный»). Такое стяжение — характерная черта русской народной традиции: длинные и редкие церковные имена в быту укорачивали до удобопроизносимых вариантов.

С именем Нифонт, которое чаще всего видят в основе фамилии, связано церковное предание. Святитель Нифонт, епископ Кипрский (IV век), в юности вёл разгульную жизнь. Однажды друг, глядя на него, сказал: «Лицо твоё черно, как у эфиопа». Эти слова потрясли Нифонта, он осознал глубину своего падения и обратился с молитвой к Богородице. После долгой молитвы он увидел, что лик Божией Матери на иконе просветлел и улыбнулся ему. С того дня Нифонт переменил жизнь, получил дар различать происки злых духов и узнал о своей смерти за три дня, сподобившись увидеть Ангелов и Пречистую Деву. Потомков человека, носившего имя Лифан (производное от Нифонта), стали записывать как Лифановы — то есть «дети Лифана».

Фамильный суффикс -ов указывает на принадлежность: Лифанов — «чей?» — «сын Лифана». Такая модель была основной для формирования русских фамилий в XVI–XVII веках, особенно в среде крестьян и посадских людей. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс становления фамилий был долгим и неравномерным. Однако можно предположить, что Лифановы чаще встречались в регионах, где были сильны традиции почитания святителя Нифонта, а имя Нифонт — Лифан бытовало в народной среде.

Стоит отметить, что фамилия Лифановы — не единственная в этом ряду. От того же корня образованы однокоренные фамилии Лифанов, Лифантьев, Лифанчиков, Лифаненко (украинская ветвь). Все они восходят к одному источнику — имени Лифан, что делает эту группу интересным примером народной переработки церковнославянских имён.