Фамилия Лифанов образована от старинного русского имени Лифан. Имя Лифан — это сокращённая, народная форма канонических имён Нифонт (с греческого «рассудительный») и Вонифатий (от латинского «творящий благо, добродетельный»). На Руси такие усечённые варианты были обычным делом: длинное церковное имя в быту сокращали, а затем на основе этого сокращения возникала фамилия.

С преподобным Нифонтом, епископом Кипрским (IV век), связана притча, объясняющая, почему имя Лифан могло быть особенно популярным. Согласно преданию, Нифонт в юности вёл разгульную жизнь. Однажды друг сказал ему, что лицо его стало чёрным, как у эфиопа. Потрясённый этими словами, Нифонт осознал глубину своего падения и начал молиться Богородице. После долгой молитвы он увидел, что лик Божией Матери на иконе просветлел и улыбнулся ему. С тех пор Нифонт непрестанно молился Царице Небесной, получил дар различать происки бесов и видеть исход душ после смерти. О своей смерти он узнал за три дня и на смертном одре удостоился увидеть Ангелов и саму Богородицу. Эта история делала имя Нифонт (и его форму Лифан) почитаемым среди верующих.

Суффикс -ов в фамилии Лифанов указывает на принадлежность: буквально «сын Лифана» или «из рода Лифана». Фамилия закрепилась в России в XVI–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди начали массово получать фамилии по имени отца. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях.

Интересно, что у фамилии Лифанов есть «двойники» с тем же корнем, но другими суффиксами — Лифановский, Лифантьев. Они образованы от той же основы, но по разным словообразовательным моделям. Лифанов — самая простая и прямая форма, без дополнительных приращений.