Фамилия Лифаненко образована по распространённой в восточной Украине модели: суффикс -енко указывает на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — Лифан. Это краткая форма от канонического имени Лифантий (оно же Ипатий, Ипат). Имя греческого происхождения, означает «высокий» или «горный». В народной среде имя сократили до Лифан, а от него уже и пошла фамилия.

Есть и вторая, менее очевидная версия. На юге России и в Украине «лифаном» могли называть продувного, ловкого человека, хитрого проныру. Слово это — диалектное, возможно, связанное с глаголом «лифуть» (обманывать, хитрить). Если предок получил такое прозвище, то фамилия отражает не имя, а свойство характера. Обе версии правдоподобны, но именная — первична: прозвища часто возникали на основе имени, а не наоборот.

Географически фамилия Лифаненко тяготеет к Слобожанщине и Полтавщине. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии фиксируются среди казацкой старшины и крестьян Черниговской, Харьковской и Екатеринославской губерний. Суффикс -енко окончательно закрепился в этих землях как маркер украинского происхождения, в отличие от великорусских -ов/-ев.

Интересно, что рядом бытуют однокоренные фамилии — Лифанов, Лифантьев, Лифан. Они образованы от того же имени, но по разным словообразовательным моделям. Лифаненко — самая «молодая» из них, возникла не раньше XVI–XVII веков, когда суффикс -енко стал массово вытеснять отчества.