Фамилия Лифантий — редкий случай фамилии, образованной напрямую от личного имени без добавления типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. В основе лежит полное крестильное имя Лифантий, которое в православных святцах встречается как вариант имени Ливерий (от латинского liber — «свободный»). В народной традиции это имя получило форму Лифантий, а фамилия закрепилась в неизменном виде, что характерно для украинской, белорусской или южнорусской ономастики, где такие «голые» фамилии (без суффикса) не редкость.

Географически фамилия привязана к территориям, где исторически бытовало имя Лифантий: это южные области России (Курская, Белгородская, Воронежская губернии) и восток Украины (Слобожанщина). Имя Лифантий фиксируется в документах XVII–XVIII веков среди крестьянского и казачьего сословий. Например, в переписных книгах встречаются Лифантий Козлов, Лифантий Гончаров — то есть имя могло передаваться от отца к сыну как родовое прозвище, прежде чем закрепиться в качестве фамилии.

Существует версия, что фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища Лифан, связанного с диалектным словом «лифан» — так в некоторых говорах называли хилого, худого или неловкого человека. Однако эта гипотеза слабая: прозвище от нарицательного слова обычно образует фамилию с суффиксом (Лифанов), а не в чистом виде. Правдоподобнее считать, что Лифантий — это фамилия-имя, как Иван, Гаврила или Тимофей, только гораздо более редкая.

В отличие от распространённых фамилий на -ов, Лифантий не даёт подсказки о профессии или социальном статусе предка. Зато она прямо указывает на его личное имя, которое почти вышло из употребления. Носитель такой фамилии может с высокой вероятностью проследить свои корни до региона, где имя Лифантий было в ходу, и до XVIII века — времени, когда фамилии у крестьян только начинали закрепляться.