Фамилия Лигистаев — редкая и сложная для однозначной трактовки. Её основа не лежит на поверхности, и, скорее всего, она является результатом сложной трансформации, а не простого прозвища.

Первое, что бросается в глаза, — необычный суффикс «-аев». В русских фамилиях он обычно возникает при присоединении суффикса «-ев» к основе, оканчивающейся на «а» или «я». Это часто указывает на нерусскую, тюркскую или финно-угорскую основу. В данном случае «Лигиста» — это переоформленное имя или прозвище, которое в русской среде получило окончание «-а», а затем стандартный патронимический суффикс.

Самый правдоподобный путь — от тюркского имени или прозвища. Можно предположить основу «Лигист» (или «Лигистан»), которая восходит к слову «лигист» в значении «привязанный», «связанный», либо к арабскому «лика» (встреча, свидание) с добавлением тюркского суффикса. В таком случае фамилия могла означать «сын того, кто носил прозвище Лигист» — возможно, так называли человека, который был связным, посредником или имел особую манеру держаться.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — от названия местности. В топонимике Поволжья или Приуралья могли существовать селения с похожим корнем (например, Лигистай), а выходец оттуда получал прозвище Лигистаев. Однако документальных подтверждений такому топониму нет.

Фамилия редкая и, по-видимому, не имела широкого распространения. Это позволяет предположить, что её носители происходят из одной локальной группы — возможно, из числа крещёных татар, башкир или мордвы, где подобные модели образования фамилий были нормой. Однозначно сказать, что значило исходное слово, сегодня трудно, но ясно, что Лигистаев — это фамилия-загадка, требующая для полного разгадывания архивных записей конкретной местности.