Фамилия Лихушен — редкий пример фамилии, образованной не от полного имени или прозвища, а от краткой, усеченной формы. В её основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Лихой, которое давали человеку с крутым нравом, склонностью к лихости, удали или, в более негативном смысле, к злым поступкам (от слова «лихо» — зло, беда). Модель образования здесь нестандартная: к основе «Лих-» добавился суффикс «-уш-», характерный для уменьшительно-ласкательных или просторечных форм личных имён (сравните: Ванюша, Петруша, Гаврюша). Затем к этой форме «Лихуша» прикрепился суффикс принадлежности «-ен», который в русских фамилиях встречается редко и указывает на вариант «чей?» — «Лихушин сын». Получается, что Лихушен — это «сын Лихуши».

С точки зрения географии, фамилия с таким окончанием («-ен» вместо привычного «-ин») — маркер южнорусских или украинских говоров. В центральной России и на севере чаще говорили бы «Лихушин». Окончание на «-ен» (Лихушен, а не Лихушин) могло закрепиться под влиянием украинского языка, где суффикс «-ен» (сравните: Шевченко, Коваленко) указывает на происхождение от отца. Таким образом, предки носителя фамилии, скорее всего, жили на территории современной Украины или в южных областях России (Курская, Белгородская, Воронежская губернии). Само прозвище Лихой могло закрепиться за человеком не только из-за буйного характера, но и в ироничном смысле — например, за удачливого или ловкого парня, которому «всё лихо нипочём».

В словарях и исследованиях по русским фамилиям (например, у Б. Унбегауна) модель на «-ен» не описывается как продуктивная для русской фамильной нормы, что подтверждает её локальный, возможно, диалектный характер. Фамилия Лихушен не входит в число распространённых и не имеет известных дворянских ветвей — это типичная крестьянская или казачья фамилия, возникшая в среде, где человека называли по отцу, используя просторечную форму его имени. Носителей этой фамилии сегодня можно встретить в основном на юге России и в восточных областях Украины, что согласуется с историей её образования.