Фамилия Лилина — одна из тех, что сразу наводит на мысль о цветке, но её происхождение куда прозаичнее и интереснее. Скорее всего, перед нами не «лилейная» фамилия, а отчество от женского имени Лилия, которое в дореволюционной России давали не так уж часто, но в среде городских мещан и купечества оно встречалось. Однако женские имена редко становились основой для фамилий — обычно крестьянин или ремесленник получал фамилию по отцу, а не по матери. Поэтому версия с именем Лилия хоть и возможна, но не самая распространённая.

Куда вероятнее, что Лилина образована от мужского прозвища Лиля. В русских говорах «лиля» или «лилёк» — это не только уменьшительное от имени, но и диалектное слово, означавшее болтуна, пустомелю или человека, который говорит невпопад, «льёт» пустые слова. Такое прозвище могли дать говорливому или несерьёзному человеку. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Лилин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Лиля.

Есть и третья, менее очевидная версия. В некоторых регионах «лиля» — это вариант слова «лилёк», обозначавшего детскую игрушку или свистульку. Тогда прозвище мог получить мастер по изготовлению таких вещей. Но эта гипотеза слабее, так как подтверждений в ономастических словарях немного, и чаще всего исследователи (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») склоняются к прозвищной основе.

Фамилия Лилина — женская форма, мужской вариант — Лилин. Встречается она нечасто, но не является редкой: носители есть и в центральной России, и в Поволжье. Сословного барьера у неё не было — её могли носить и крестьяне, и мещане. В дворянских родословных книгах она не зафиксирована, что неудивительно для фамилии, образованной от прозвища или просторечного имени. Так что, скорее всего, предки современных Лилиных были людьми простыми, но, судя по прозвищу, не скучными.