Фамилия Лимайкин — одна из тех, что сразу цепляет глаз нестандартным звучанием. Её основа — Лимайка — не встречается в списках распространённых русских имён или прозвищ, поэтому разгадка лежит в области диалектов и местных говоров.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или мирское имя Лимай. Суффикс -к- в русской ономастике часто образует уменьшительные или обиходные формы: Лимай → Лимайка. А уже от этой формы по модели «чей?» — Лимайкин, то есть «сын или потомок Лимайки». Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду, что типично для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я.

Что могло значить само слово «Лимай»? Точного ответа нет, но есть две версии. Первая: от тюркского корня «лиман» (гавань, залив) или «лима» (грязь, ил). В южнорусских степях и на Дону такие слова приживались в говорах, давая прозвища живущим у лимана или работящим в грязи. Вторая, более правдоподобная: от диалектного глагола «лимать» — медлить, мешкать, копаться. В рязанских и тамбовских говорах «лимай» — нерасторопный, вялый человек. Прозвище могло закрепиться за неспешным, основательным крестьянином.

Географически фамилия редкая, её корни, вероятно, уходят в чернозёмные области России — Тамбовскую, Рязанскую, Воронежскую губернии. Там фиксируются похожие фамилии: Лимаев, Лиманов, Лимакин. Лимайкин — более редкий вариант, сохранивший исходную форму прозвища.

Таким образом, предок носителя фамилии получил уличное имя Лимайка — возможно, за свой неторопливый нрав или за то, что жил у лимана. Фамилия не дворянская и не купеческая, а крестьянская, образованная естественным путём в среде, где прозвище заменяло официальное имя.