Фамилия Лимакин — один из тех случаев, когда на слух кажется, что корень очевиден (лимон? лиман?), но на деле всё упирается в каноническое имя.

Самый надёжный путь — суффикс -ин. Он указывает на принадлежность: чей? — Лимакин. Значит, в основе лежит прозвище или некалендарное имя Лимака. А оно, скорее всего, восходит к крестильному имени Филимон (в просторечии — Филя, Филимон). В русской народной традиции имя Филимон нередко сокращали до Лимо́н, а от него через уменьшительный суффикс -ак- (или -ака) образовывали форму Лимака. То есть Лимакин — буквально «сын (или потомок) Лимаки», а тот, в свою очередь, — «маленький Филимон».

Есть и вторая версия, менее распространённая, но географически привязанная. В южных и приазовских говорах «лиман» — это залив, озеро или широкое устье реки. Человека, жившего у такого водоёма, могли прозвать Лима́кой. В этом случае фамилия Лимакин — прозвищная по месту жительства. Однако в пользу имени говорит то, что фамилий на -ин от названий мест обычно меньше, чем от личных имён, и они чаще встречаются в форме Лиманов или Лиманский.

Суффикс -ак в основе Лимак- типичен для северных и центральных областей России. Он придаёт прозвищу оттенок ласкательности или, наоборот, ироничности (сравните: Гусак, Рыбак, Дурак). Если Лимака — это «маленький Филимон», то прозвище могло закрепиться за младшим в роду или за человеком невысокого роста.

Фамилия встречается в основном в Поволжье и на юге России, но не образует ярко выраженного «гнезда» в одном уезде. В дореволюционных переписях Лимакины — почти всегда крестьяне или мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «имянную» и простонародную природу: имя Филимон было распространено именно в крестьянской среде.