Фамилия Лимаковы — это отчество второго порядка, образованное от прозвища Лимак. В основе прозвища лежит нарицательное слово «лиман» и его диалектный вариант «лимак». В славянских говорах лимаком называли широкое устье реки, впадающей в море, а также мелководный залив или чистое озеро без камыша и зарослей. Так что прозвище Лимак получал человек, живший на берегу такого водоёма, — не обязательно в известных топонимах вроде посёлка Лиман в Астраханской области или украинского водохранилища Лимак в Харьковской области. Лимаков мог стать и тот, чей дом стоял у любого другого лимака.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ов присоединился к основе Лимак. Так появилась фамилия, отвечающая на вопрос «чей сын?» — сын Лимака. Со временем форма закрепилась и перестала зависеть от пола или поколения. В русском языке фамилии на -ов — самые распространённые, и Лимаковы здесь не исключение.

География фамилии не привязана к одной области. Носители встречаются и в центральных регионах России, и на юге, особенно в бывших казачьих землях, где топоним «лиман» был в ходу. В украинских говорах слово «лимак» также употреблялось, поэтому среди Лимаковых есть и потомки украинских казаков. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий у славян растянулся на несколько столетий, с XV по XVIII век. Однако можно уверенно сказать, что фамилия Лимаков — не искусственная, а живая, народная, возникшая из прозвища по месту жительства.