Фамилия Лимаков восходит к топониму Лимак (такое название носят посёлок Лиман в Астраханской области и украинское водохранилище Лимак в Харьковской области). Сам топоним содержит указание на особенности местности («лимак» — «широкое устье реки, впадающей в море; чистое озеро, без камыша и зарослей»). Однако, лимаком называется любой мелководный залив при впадении реки в море, а потому фамилию Лимаков мог получить не только выходец из вышеназванных местностей, но и человек, живший некогда на берегах любого другого лимака. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Лимак, со временем получил фамилию Лимаков.