Фамилия Линдаков — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а западноевропейская, адаптированная русским суффиксом. Принадлежность указывает суффикс -ов: Линдаков — сын Линдака. Само прозвище Линдак, от которого пошла фамилия, могло возникнуть двумя путями, и оба ведут к разным корням.

Первая и самая вероятная версия — от немецкого или скандинавского имени Linde (липа) или Lind (мягкий, нежный). В прибалтийских губерниях и среди немецких колонистов Поволжья было распространено прозвище Lindak — «липовый», «человек, живущий у липы» или «мягкий по характеру». Русские крестьяне или мещане, перенимая фамилию от обрусевшего немца или прибалта, просто русифицировали её, добавив типичное -ов. В таком случае Линдаков — потомок выходца из немецкой или шведской среды, осевшего в России.

Вторая версия, более редкая, но не исключённая — от тюркского корня. В тюркских языках есть слово «линда» (или «лында») — ленивый, медлительный человек, увалень. Прозвище Линдак могли дать нерасторопному или флегматичному человеку. Однако эта версия слабее, потому что на русской почве фамилии с таким корнем почти не встречаются, а вот немецкий след — вполне обычен для юга России и Прибалтики.

География фамилии подтверждает первую версию. Линдаковы встречаются в основном в Саратовской, Самарской областях и в Краснодарском крае — как раз в регионах, где исторически селились немецкие колонисты. В центральной России фамилия практически не известна. Это косвенно указывает, что предок носителя фамилии был, скорее всего, обрусевшим немцем или балтийским шведом, получившим дворовое прозвище от имени или места жительства.

Словообразовательная модель проста: основа Линдак (прозвище) + патронимический суффикс -ов. Фамилия могла писаться и через «е» — Лендаков, но закрепилась в форме с «и» под влиянием немецкого произношения. В любом случае, Линдаков — не крестьянская фамилия от русского имени, а след этнического контакта, который оставил свой отпечаток в русском ономастиконе.