Фамилия Липенко — яркий пример украинской модели образования на -енко, которая буквально означает «маленький», «сын» или «потомок». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, указывающих на принадлежность (чей?), украинская модель называла человека по имени или прозвищу отца: Липенко — потомок того, кого звали Липой или Липенем.

Основа фамилии — «Лип-» — отсылает к дереву липе. В славянской традиции прозвища по названиям деревьев давали по разным причинам. Чаще всего — за внешность (высокий, статный, «липовая» фигура) или за характер (мягкий, податливый, как липовый цвет). Реже — по месту жительства: человек, живший у липовой рощи или на Липках. В украинских говорах слово «липа» могло означать и нечто ненадёжное, обманчивое («липова справа»), но для прозвища такое значение маловероятно — скорее оно было нейтральным или положительным.

Интересная деталь: в отличие от распространённых фамилий Липов, Липкин, Липский, форма Липенко почти не встречается за пределами Украины и южных областей России. Это указывает на чёткую региональную привязку — предки носителя фамилии с высокой вероятностью происходили из Левобережной Украины (Черниговщина, Полтавщина) или Слобожанщины. Именно там фамилии на -енко в XVI–XVII веках стали главным способом именования крестьян и казаков.

Версия о происхождении от крестильного имени (например, от Филипп, где отпало начало) менее убедительна: для украинской ономастики нехарактерно столь сильное сокращение имени с сохранением суффикса -енко. Куда правдоподобнее — прозвищное происхождение от дерева, что подтверждается и параллельными фамилиями вроде Березенко, Дубенко, Калиненко.