Фамилия Липовенко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и южнорусской традиции указывал на потомка («сын Липы» или «человек из рода Липы»). Основа фамилии — Липа, и здесь открывается сразу несколько версий происхождения, ни одна из которых не отменяет другую.

Самое прямое объяснение — мирское имя Липа, которое родители давали ребёнку в честь дерева. В дохристианской и раннехристианской традиции такие имена были не редкостью: считалось, что, называя сына Липой, семья «вписывает» его в природу, желая, чтобы он перенял у дерева силу, здоровье и долголетие. Липа на Руси почиталась как полезное и «тёплое» дерево — из неё делали посуду, лапти, лыко, а липовый цвет шёл в лекарственные сборы. Поэтому вполне вероятно, что прозвище Липа могло перейти в фамилию не только от имени, но и от ремесла: предок Липовенко мог быть лекарем, собиравшим липовый цвет, либо плотником, работавшим с мягкой и податливой липовой древесиной.

Есть и другая, менее очевидная, но лингвистически обоснованная версия: Липа — это сокращённая форма от крестильных имён Олимпий (греч. «гора богов» — от Олимпа) или Алимпий («беспечальный»). В народной речи сложные греческие имена часто усекали до простых и понятных созвучий, так что Липа могло быть домашним вариантом этих имён. В таком случае фамилия Липовенко — не от дерева и не от ремесла, а от церковного имени, которое со временем потеряло связь с первоисточником.

Суффикс -енко однозначно указывает на украинское или южнорусское происхождение фамилии: в этих регионах, в отличие от северных, модель на -енко была самой массовой. Сам носитель фамилии мог быть потомком человека по прозвищу Липа, причём прозвище это могло закрепиться и за самим родоначальником, и за его отцом. Интересно, что фамилия Липовенко встречается и среди запорожских казаков, и в реестрах украинской шляхты, но в основном оставалась крестьянской и мещанской — никакого аристократического оттенка у неё нет.