Фамилия Липова в своей основе имеет прозвище или некалендарное имя Липа. Самая прямая версия связывает его с названием дерева. В народной традиции липа считалась символом здоровья и благополучия, поэтому имя Липа могли дать ребёнку с пожеланием расти сильным и крепким, как это дерево. Однако слово «липа» в русских говорах имело и другие значения, которые могли лечь в основу прозвища взрослого человека. Например, «липой» называли липкий, приставучий человек, а также подделку или фальшивку — отсюда пошло выражение «липовый документ». В этом случае прозвище мог получить хитрец или тот, кто промышлял обманом.

Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ов, который отвечает на вопрос «чей?» и означает принадлежность: Липова — буквально «дочь (или жена) Липы». Форма Липова — это женский вариант, мужская форма фамилии — Липов. Такое окончание указывает на то, что фамилия закрепилась в центральных и северных регионах России, где был распространён именно этот суффикс.

Отдельного внимания заслуживает версия, связывающая фамилию с полным церковным именем. Липа могла быть сокращением от редкого имени Олимпий (греч. «небесный»). В народе это имя нередко упрощали до Липы, отбрасывая начало. Если это так, то фамилия Липова восходит не к прозвищу, а к крестильному имени, что было обычной практикой для русских фамилий.

В отличие от многих «растительных» фамилий, у Липовой нет однозначной привязки к профессии. Версия о том, что предок был лекарем (липовый цвет использовали в медицине) или плотником (липа — податливая древесина для резьбы), остаётся лишь догадкой. Более надёжным выглядит объяснение через личное имя или прозвище по характеру, а не через ремесло.