Фамилия Липлянин — редкий случай, когда географическое прозвище сохранилось в почти неизменном виде. Её основа — «липлянин», то есть житель местности с названием Липля, Липль или Липляны. Такие топонимы встречаются в славянских землях: например, село Липляны есть на Смоленщине, а город Липлян (серб. Липљан) находится в Косове. Выходец оттуда и получал прозвище Липлянин, которое затем закрепилось как фамилия.

Суффикс «-янин» — один из древнейших в русской ономастике. Изначально он образовывал названия жителей по месту: римлянин, египтянин, киевлянин. В фамилиях этот формант встречается редко, и Липлянин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Могилянин, Полочанин, Рязанин. По сути, это застывшее этнохороним — название человека по территории.

Словообразовательная модель проста: корень «лип-» (от названия места), суффикс «-ян-» и окончание «-ин». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Липля́нин. Вариант с ударением на первый слог (Ли́плянин) возможен, но менее логичен — суффикс «-янин» обычно ударный.

Версия о происхождении от дерева липы маловероятна: от «липа» образуются фамилии Липов, Липкин, Липовцев, но не Липлянин. Формант «-янин» к названиям деревьев не прикрепляется. Исключение — если «Липля» было прозвищем человека, жившего у липовой рощи, но и тогда фамилия скорее получила бы суффикс «-ов» или «-ин».

Социально фамилия не указывает на дворянство или крестьянство: прозвища по месту выхода давали людям любого сословия, когда они переселялись и их начинали называть по прежнему месту жительства. Встречаемость фамилии низкая, она не попала в массовые списки российских фамилий XIX века, что говорит об её локальном бытовании, возможно, в западных или южных губерниях.

В современном русском языке фамилия склоняется как существительное второго склонения: Липлянина, Липлянину, Липлянином. Женский вариант — Липлянина — не меняется по падежам, если это фамилия.