Фамилия Липьянин — редкий случай, когда географическое прозвище превратилось в фамилию, сохранив свою исходную форму почти без изменений. В основе лежит слово «липянин» — так в старину называли жителя определённой местности, связанной с липами. Скорее всего, речь идёт о деревне или селе с названием Липья, Липье, Липовка или о более конкретном топониме Липяны. Такие названия встречаются в Белоруссии и на западе России, особенно в Смоленской и Брянской областях. Суффикс -янин в русских фамилиях встречается нечасто, он характерен для прозвищ по месту жительства (ср. рижанин, вологжанин, но в фамилиях — Ростовцев, а не Ростовлянинов). Здесь же он застыл прямо в прозвищной форме: человека, пришедшего из Липьян, так и прозвали — Липьянин, и это прозвище стало фамилией.

Словообразовательная модель проста: основа «Липь-» (от «липа») + суффикс принадлежности к месту «-ян-» + окончание «-ин», которое в русских фамилиях часто указывает на принадлежность («чей?» — Липьянин). Однако в данном случае «-ин» не столько притяжательный, сколько оформительный: фамилия сложилась как калька с прозвища, где «-янин» уже было частью слова. Других версий, например, от личного имени Липя (гипотетическая форма от Филипп), нет убедительных подтверждений — в исторических источниках такое имя не зафиксировано.

В сословном отношении фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские роды с таким окончанием почти не встречались: «-янин» выдаёт позднее, народное происхождение. Географически фамилия привязана к западу России и востоку Беларуси, где топонимы с корнем «лип-» особенно часты из-за обилия липовых лесов. Известных носителей фамилии в истории нет — это редкая фамилия, не попавшая в общероссийские родословные сборники. Но именно эта редкость и прозрачность происхождения делают её хорошим примером того, как прозвище по месту рождения пережило века, не изменив формы.