Фамилия Липнин — редкий случай, когда суффикс -ин присоединился к основе, уже имевшей свой суффикс. Если большинство фамилий на -ин образованы от слов на -а/-я (Липа → Липин), то здесь мы видим основу «Липн-». Такая форма могла возникнуть от прозвища или имени Липня — так в старину называли ребёнка, родившегося в липовый месяц (июль, время цветения липы). Но есть и более прозаичная версия: Липнёй или Липнем могли прозвать человека, жившего у липовой рощи или занимавшегося заготовкой липового лыка.

Словообразовательная модель подсказывает, что фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Липнин, то есть сын или потомок Липни. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще носили крестьяне и дворяне, фамилии на -ин в центральной России были типичны для служилых людей, однодворцев и мещан. Однако Липнин могла возникнуть и в северных говорах, где суффикс -ин активно использовался для образования фамилий от прозвищ с конечным мягким согласным.

Географически фамилия встречается крайне редко. Основные следы ведут в Тверскую, Псковскую и Новгородскую области — регионы, где липа была одной из главных промысловых пород. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян, но отдельные ветви могли принадлежать к духовенству: в семинариях фамилии нередко давали по названиям растений, и Липнин могло быть искусственным образованием от «липня» (липовая роща).

Любопытная деталь: в отличие от распространённой фамилии Липин, где корень ясен, Липнин демонстрирует более сложную фонетику. В некоторых говорах «Липнин» могло звучать как «Липнён» или даже «Липнёв» — это объясняет, почему в документах XVIII века встречается вариант Липнёв, хотя этимологически они не родственны. Спор о том, считать ли Липнин вариантом Липина или самостоятельной фамилией, решается просто: разная основа (Лип- против Липн-) указывает на разные прозвища, пусть и одного корня.