Фамилия Липнинский — относительно редкая, но её происхождение прозрачно и восходит к географическому названию. В основе лежит топоним с корнем «Липн-», который указывает на липовые деревья или местность, где они росли. Таких названий в славянском мире множество: от деревень Липня, Липное, Липно до урочищ Липнино. Фамилия образована по типичной для польской и западнорусской традиции модели с суффиксом -ский, который изначально закреплялся за дворянами, владевшими поместьем с таким именем. Поэтому первый носитель фамилии Липнинский, скорее всего, был шляхтичем или землевладельцем из имения Липня (или Липное), а его потомки закрепили это название как родовое.

Однако не стоит думать, что все Липнинские — потомки панов. В XIX веке, после отмены крепостного права, фамилии на -ский нередко давались бывшим крепостным по названию их прежней деревни. Если в документах встречается крестьянин Липнинский, это значит, что его предки жили в селе с похожим именем, а фамилию им приписали при переписи или освобождении. Таким образом, фамилия могла возникнуть и в польской шляхетской среде, и в среде великорусского крестьянства — разница лишь в сословном контексте.

В отличие от более частых фамилий вроде Липкин (от имени Липка) или Липов (от дерева), Липнинский сохраняет связь с конкретным местом, а не с личным прозвищем. В польском языке аналогичная фамилия — Lipiński — одна из самых распространённых, но в русском написании с двумя «н» и суффиксом -ин- она встречается реже. Географически Липнинские чаще всего фиксируются на территории бывшего Великого княжества Литовского: в Беларуси, на Смоленщине, в западных областях России. Если искать корни, стоит проверить карты XIX века на предмет деревень Липня или Липное именно в этих регионах.